开展基因分子标记研究是进行分子标记辅助选择育种、分离和克隆基因的基础。“十五”期间,我国科研工作者建立了适合黄瓜的RAPD、AFLP和SSR标记的优化反应体系,并对黄瓜的多个基因进行了分子标记。

　　钱忠英等优化的黄瓜RAPD反应体系为:PCR程序94℃预变性3min,94℃变性30s,37℃复性30s,72℃延伸2min,循环40周,最后72℃延伸7min为佳;模板DNA的适宜浓度为2.5~5ng/μl,引物浓度为0.6mol/μl,dNTPs浓度为0.25mmol/L,Mg2+浓度为1.875mmol/L。张桂华等建立了适合黄瓜的AFLP反应体系:在50μL酶切连接体系中,取300ng基因组DNA进行双酶切和接头连接,然后取4μl酶切连接产物进行预扩增(预扩增体系为20μl),预扩增产物稀释30倍后,采用“2+3”选择性扩增引物组合用于选择性扩增可以得到很好的扩增效果。葛风伟等摸索了适宜黄瓜的SSR反应体系,认为在25μlPCR反应体系中,Mg2+的最适浓度为0.2mmol/L;dNTP最适浓度为0.2mmol/L;反应体系中Taq聚合酶宜加入1U,引物应加入30ng;DNA最适浓度为5ng/μl。另外,刘殿林、张正奇、孙敏等也对黄瓜基因组DNA提取方法和RAPD反应体系进行了探索。

　　基因分子标记方面,陈劲枫等利用RAPD技术获得黄瓜全雌性特异的片段B111000。娄群峰等筛选得到了与黄瓜全雌性F基因连锁距离为6.7cM的AFLP标TG/CAC234,并将该标记转化为SCAR标记SA166。张桂华等找到两个与白粉病抗病相关基因连锁距离为5.56cM的AFLP标记,目标片段的大小分别为238bp和236bp。张素勤研究并获得了与控制黄瓜霜霉病和白粉病的感病QTLs均紧密连锁的显性AFLP标记:E25M63-103,与黄瓜霜霉病、白粉病某个数量感病基因共分离,而抗病亲本及抗病单株没有带。E25M63-103标记从分子水平说明黄瓜霜霉病和白粉病的某个感病QTLs是连锁的。丁国华筛选得到与抗霜霉病基因dm连锁不十分密切的CsR-GA3标记。在dmCsRGA3之间还检测到黄瓜白粉病抗病基因pm的存在,显示了dm和pm存在连锁关系。这与张素勤等的结论一致。国艳梅筛选到的AFLP标记E4M6和E5M5,分别与黄瓜营养部分苦味基因Bi和与的连锁距离15.0cM和不苦基因bi连锁距离18.8cM。顾兴芳等找到了与黄瓜果实苦味基因Bt紧密连锁的两个显性AFLP标记E23M66-101和E25M65-213,与Bt的遗传距离分别为5cM和4cM,且位于Bt两侧,可用于无苦味黄瓜的分子标记辅助育种。